Bản đồ hiện trạng phát triển kết cấu hạ tầng giao thông vận tải tỉnh Khánh Hòa năm 2020 thể hiện rõ sự tích hợp đồng bộ giữa các phương thức vận tải: đường bộ, đường sắt và đường thủy nội địa. Trục đường bộ chủ đạo là Quốc lộ 1A, kết nối liên vùng Bắc–Nam, cùng với nhiều tuyến tỉnh lộ và đường đô thị phân bố hợp lý, đảm bảo kết nối giữa trung tâm như Nha Trang, Cam Ranh và vùng nông thôn, ven biển.
Về đường sắt, tuyến đường sắt Bắc – Nam hiện hữu đi qua tỉnh với ga chính tại Nha Trang, cùng nhiều ga nhỏ tại Cam Ranh, Diên Khánh, Ninh Hòa... góp phần vận chuyển hành khách và hàng hóa nội địa đa dạng. Hệ thống đường bộ và đường sắt này bổ trợ cho nhau, tạo thành một khung vận tải đường bộ – đường sắt hiệu quả.
Phương tiện đường thủy nội địa đóng vai trò quan trọng trong vận tải vùng ven biển và các đảo (Nha Trang, Cam Ranh, Vạn Ninh,...). Các tuyến thủy như từ Cam Ranh đến Bãi Lau và từ Nha Trang đến các đảo được khai thác phục vụ cả dân sinh và du lịch bằng tàu chở khách dưới 49 chỗ và tàu hàng dưới 50 tấn .
Riêng với cảng và đường hàng không, Cảng hàng không quốc tế Cam Ranh là một nút giao thông quốc tế chủ lực, phục vụ hàng triệu lượt hành khách mỗi năm, đặc biệt nổi bật với tỷ lệ hành khách quốc tế cao. Mạng cảng biển hiện tại gồm cảng Nha Trang, phục vụ du lịch và hàng hóa, cùng cảng Dốc Lết phục vụ hậu cần, và tiềm năng phát triển cảng sâu Vân Phong đang được quy hoạch xây dựng
